区别
1、它们遵循的基本原则
二者所遵循的基本原则是它们的主要区别：开放vs保守。SQL server是狭隘、保守的存储引擎与MySQL服务器的可扩展、开放的存储引擎绝然不同。虽然可以使用SQL server的Sybase引擎，但MySQL能够提供更多种的选择，如MyISAM, Heap, InnoDB, and Berkeley DB。MySQL不完全支持陌生的关键词，所以它比SQL服务器要少一些相关的数据库。同时，MySQL也缺乏一些存储程序的功能，比如MyISAM引擎联支持交换功能。
2、性能
纯粹就性能而言，MySQL是相当出色的，因为它包含一个缺省桌面格式MyISAM。MyISAM 数据库与磁盘非常地兼容而不占用过多的CPU和内存。MySQL可以运行于Windows系统而不会发生冲突，在UNIX或类似UNIX系统上运行则更好。你还可以通过使用64位处理器来获取额外的一些性能。因为MySQL在内部里很多时候都使用64位的整数处理。Yahoo!商业网站就使用MySQL 作为后台数据库。
当提及软件的性能，SQL服务器的稳定性要比它的竞争对手强很多。但是，这些特性也要付出代价的。比如，必须增加额外复杂操作，磁盘存储，内存损耗等等。
3、安全性
这两个产品都有自己完整的安全机制。只要你遵循这些安全机制，一般程序都不会出现什么问题。这两者都使用缺省的IP端口，但是有时候很不幸，这些IP也会被一些黑客闯入。当然，你也可以自己设置这些IP端口。
4、运行
MYSQL短小精悍，容易上手，操作简单，免费供用的。相对其它数据库有特色又实用的语法多一些。SQL server怎么也算是大型数据库，稳定，能做一般大系统的数据仓库，运行速度明显比MYSQL快很多。
5、使用难度
MYSQL难担当大系统的数据仓库，运行速度慢，不够稳定，有掉线的情况。SQL server价格贵，使用起来比MYSQL要难一些，毕竟东西大了说道多点。
6、恢复性
恢复性也是MySQL的一个特点，这主要表现在MyISAM配置中。这种方式有它固有的缺欠，如果你不慎损坏数据库，结果可能会导致所有的数据丢失。然而，对于SQL server而言就表现得很稳键。SQL server能够时刻监测数据交换点并能够把数据库损坏的过程保存下来。
7、发行费用
当提及发行的费用，这两个产品采用两种绝然不同的决策。对于SQL server，获取一个免费的开发费用最常的方式是购买微软的Office或者Visual Studio的费用。但是，如果你想用于商业产品的开发，你必须还要购买SQL Server Standard Edition。学校或非赢利的企业可以不考虑这一附加的费用。MySQL不全是免费，但很便宜。
所以在你对两者都有了了解的情况下，选择两者中的哪一个，就要看你自己的需要了。只要能够帮助到学习和工作，随便你选择哪种。如果你想建立一个.NET服务器体系，这一体系可以从多个不同平台访问数据，参与数据库的管理，那么你可以选用SQL服务器。如果你想建立一个第三方站点，这一站点可以从一些客户端读取数据，那么MySQL将是最好的选择。
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